Níveis elevados de calprotectina também são observados em doenças infecciosas e neoplásicas do intestino. Por sua vez, as doenças funcionais do intestino, como síndrome do intestino irritável (SII), cursam com níveis normais e calprotectina.
A quantificação dos níveis de calprotectina nas fezes é um exame útil para diferenciar pacientes com DII de pacientes com SII. Pacietes com DII apresentação concentração significativamente elevada de calprotectina nas fezes, enquanto pacientes cm SII apresentam concentrações normais. Resultados de calprotectina acima de 200ug/g de fezes indicam doença inflamatória intestinal em atividade.